سوبارو پسر نوجوانی است که مشغله و هدف خاصی در زندگی اش ندارد و بعد از خرید از یک فروشگاه، ناگهان وارد یک دنیای اسرارآمیز و فانتزی می شود. او به زودی متوجه می ‌شود که زندگی اش به طور کامل تغییر کرده است و ...

یک سال از وقایع قسمت قبل و گشایش جعبه لپلیس گذشته است. در پی درگیری‌ای به نام حادثه‌ی لپلیس ، باقیمانده‌ی نیروهای نئو زیون ملقب به اسلیوها نابود شده‌اند. هم بانشی‌ها و هم یونیکورن گاندام‌ها از هوشیاری علنی محروم ، در خفا زندانی شده و محکوم به فراموشی به دست تاریخ هستند. هر چند که ناگهان گزارش‌هایی از رویت یک گاندام دیگر به دست می‌رسد. یونیکورن گاندامی که باور می‌رفت دو سال پیش مرده باشد ، دوباره بازگشته است و…